# R-scape :: RNA Structural Covariation Above Phylogenetic Expectation
# R-scape 2.0.5 (September 2024)
# Copyright (C) 2017-2024 Elena Rivas, Harvard University.
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).
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# MSA infernal_1 nseq 66 (66) alen 516 (1807) avgid 46.63 (38.96) nbpairs 55 (55)
# One-set statistical test (all pairs are tested as equivalent) 
#
#
# Method Target_E-val [cov_min,cov_max] [FP | TP True Found | Sen PPV F] 
# GTp    0.05         [-9.95,82.39]     [0 | 7 55 7 | 12.73 100.00 22.58] 
#
#       left_pos       right_pos        score          E-value           pvalue       substitutions      power
#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
*	     514	     629	82.38670	9.26564e-12	6.97346e-17	26		0.69
*	     513	     630	63.48968	8.22542e-08	6.19058e-13	24		0.66
*	     494	     834	61.31803	2.31063e-07	1.73901e-12	6		0.16
*	     516	     627	43.53980	0.00117284	8.82696e-09	49		0.86
*	     496	     832	40.80186	0.00425865	3.20513e-08	8		0.24
*	     515	     628	38.18115	0.0150677	1.13402e-07	43		0.83
*	     661	     828	36.81608	0.0286548	2.15661e-07	17		0.52

# The given structure

# Power analysis of given structure 
#
# Powertype = SINGLE SUBSTITUTIONS
# covary  left_pos      right_pos    substitutions      power
#----------------------------------------------------------------
     *    494		834		6		0.16
          495		833		4		0.07
     *    496		832		8		0.24
          497		831		4		0.07
          510		633		15		0.47
          511		632		17		0.52
          512		631		18		0.55
     *    513		630		24		0.66
     *    514		629		26		0.69
     *    515		628		43		0.83
     *    516		627		49		0.86
          517		626		53		0.87
          522		625		39		0.81
          523		624		42		0.83
          524		623		38		0.81
          644		658		1		0.00
          645		657		7		0.20
          646		656		6		0.16
          647		655		9		0.28
          659		830		4		0.07
          660		829		16		0.50
     *    661		828		17		0.52
          683		726		28		0.72
          690		725		26		0.69
          691		724		30		0.74
          692		723		38		0.81
          693		722		39		0.81
          838		1437		2		0.00
          839		1436		1		0.00
          840		1432		5		0.11
          841		1431		2		0.00
          842		1430		3		0.02
          843		1429		10		0.32
          844		1428		2		0.00
          845		1427		5		0.11
          846		1426		17		0.52
          847		1279		20		0.59
          848		1278		25		0.67
          849		1277		28		0.72
          981		1275		34		0.78
          982		1274		25		0.67
          983		1273		22		0.63
          984		1272		30		0.74
          985		1271		21		0.61
          986		1270		20		0.59
          987		1269		23		0.64
          988		1268		25		0.67
          989		1083		29		0.73
          990		1066		20		0.59
          1002		1065		20		0.59
          1003		1064		18		0.55
          1015		1063		25		0.67
          1016		1062		21		0.61
          1017		1061		21		0.61
          1018		1060		8		0.24
#
# BPAIRS 55
# avg substitutions per BP  19.8
# BPAIRS expected to covary 26.9 +/- 3.1
# BPAIRS observed to covary 7
#
# RMs = 7 L = 1784

# RM_HELIX 510-524 623-633, nbp = 11 nbp_cov = 4
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 644-647 655-658, nbp = 4 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 683-693 722-726, nbp = 5 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 659-661 828-830, nbp = 3 nbp_cov = 1
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 494-497 831-834, nbp = 4 nbp_cov = 2
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 847-1018 1060-1279, nbp = 19 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 838-846 1426-1437, nbp = 9 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
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