# R-scape :: RNA Structural Covariation Above Phylogenetic Expectation
# R-scape 2.0.5 (September 2024)
# Copyright (C) 2017-2024 Elena Rivas, Harvard University.
# Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).
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# MSA GLY nseq 66 (66) alen 471 (2188) avgid 51.19 (42.81) nbpairs 0 (0)
# One-set statistical test (all pairs are tested as equivalent) 
#
#
# Method Target_E-val [cov_min,cov_max] [FP | TP True Found | Sen PPV F] 
# GTp    0.05         [-9.95,81.87]     [6 | 0 0 6 | 0.00 0.00 0.00] 
#
#       left_pos       right_pos        score          E-value           pvalue       substitutions      power
#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
~	     800	    1026	81.86878	6.70104e-11	6.05415e-16	30		0.74
~	     799	    1027	61.28606	7.74588e-07	6.99813e-12	25		0.67
~	     780	    1248	58.29493	3.01808e-06	2.72673e-11	4		0.07
~	     782	    1246	41.81051	0.00512296	4.62841e-08	8		0.24
~	     801	    1025	41.45384	0.00599775	5.41876e-08	43		0.83
~	    1065	    1244	39.84786	0.0126051	1.13883e-07	3		0.02

# The given structure

# Power analysis of given structure 
#
# Powertype = SINGLE SUBSTITUTIONS
# covary  left_pos      right_pos    substitutions      power
#----------------------------------------------------------------
#
# BPAIRS 0
# avg substitutions per BP  0.0
# BPAIRS expected to covary 0.0 +/- 0.0
# BPAIRS observed to covary 0
#
# RMs = 0 L = 2145
# Number of covarying pairs = 6

#
# Method Target_E-val [cov_min,cov_max] [FP | TP True Found | Sen PPV F] 
# GTp    0.05         [-9.95,81.87]     [0 | 6 80 6 | 7.50 100.00 13.95] 
#
# in_fold in_given   left_pos       right_pos      score           E-value    pvalue       substitutions      power
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
*	~	       800	      1026	81.86878	6.70104e-11	6.05415e-16	30		0.74
*	~	       799	      1027	61.28606	7.74588e-07	6.99813e-12	25		0.67
*	~	       780	      1248	58.29493	3.01808e-06	2.72673e-11	4		0.07
*	~	       782	      1246	41.81051	0.00512296	4.62841e-08	8		0.24
*	~	       801	      1025	41.45384	0.00599775	5.41876e-08	43		0.83
*	~	      1065	      1244	39.84786	0.0126051	1.13883e-07	3		0.02

# The predicted CaCoFold structure

# Power analysis of CaCoFold structure 
#
# Powertype = SINGLE SUBSTITUTIONS
# covary  left_pos      right_pos    substitutions      power
#----------------------------------------------------------------
          349		1251		5		0.11
          350		1250		11		0.35
     *    780		1248		4		0.07
          781		1247		4		0.07
     *    782		1246		8		0.24
          783		1245		6		0.16
          796		1030		12		0.39
          797		1029		16		0.50
          798		1028		16		0.50
     *    799		1027		25		0.67
     *    800		1026		30		0.74
     *    801		1025		43		0.83
          802		1024		43		0.83
          803		1023		45		0.84
          880		962		32		0.76
          881		961		34		0.78
          882		960		33		0.77
          883		959		21		0.61
          884		958		14		0.45
          885		955		10		0.32
          905		954		14		0.45
          906		953		17		0.52
          907		938		17		0.52
          908		937		12		0.39
          910		936		11		0.35
          911		935		12		0.39
          912		934		17		0.52
          1040		1064		0		0.00
          1041		1053		7		0.20
          1042		1052		4		0.07
          1043		1051		9		0.28
     *    1065		1244		3		0.02
          1066		1243		15		0.47
          1067		1242		16		0.50
          1068		1241		17		0.52
          1075		1240		18		0.55
          1076		1239		26		0.69
          1077		1238		28		0.72
          1078		1237		22		0.63
          1079		1236		24		0.66
          1080		1235		22		0.63
          1081		1151		25		0.67
          1082		1150		17		0.52
          1083		1149		26		0.69
          1084		1148		24		0.66
          1094		1147		14		0.45
          1095		1146		19		0.57
          1096		1145		23		0.64
          1111		1144		15		0.47
          1112		1143		22		0.63
          1113		1142		32		0.76
          1114		1128		30		0.74
          1252		1880		1		0.00
          1253		1879		1		0.00
          1254		1875		6		0.16
          1255		1874		3		0.02
          1256		1873		3		0.02
          1257		1869		10		0.32
          1258		1868		2		0.00
          1259		1867		4		0.07
          1260		1866		16		0.50
          1267		1701		21		0.61
          1271		1700		21		0.61
          1272		1698		29		0.73
          1397		1690		26		0.69
          1398		1689		30		0.74
          1399		1688		22		0.63
          1400		1687		26		0.69
          1401		1686		20		0.59
          1402		1685		15		0.47
          1403		1684		24		0.66
          1404		1683		24		0.66
          1405		1508		25		0.67
          1406		1476		19		0.57
          1442		1475		24		0.66
          1443		1474		28		0.72
          1455		1471		26		0.69
          1456		1470		23		0.64
          1457		1469		22		0.63
          1458		1468		6		0.16
#
# BPAIRS 80
# avg substitutions per BP  18.1
# BPAIRS expected to covary 38.7 +/- 3.9
# BPAIRS observed to covary 6
#
# RMs = 7 L = 2145

# RM_HELIX 796-912 934-1030, nbp = 21 nbp_cov = 3
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 1040-1043 1051-1064, nbp = 4 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
NESTED  :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::<<<<_______>>>>:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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# RM_HELIX 1065-1114 1128-1244, nbp = 21 nbp_cov = 1
# aggregated NONE
NESTED  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<_____>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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# RM_HELIX 780-783 1245-1248, nbp = 4 nbp_cov = 2
# aggregated NONE
NESTED  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::<<<<_______________________________________________________________________________________________________________________________________>>>>::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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# RM_HELIX 349-350 1250-1251, nbp = 2 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
NESTED  <<____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________>>:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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# RM_HELIX 1267-1458 1468-1701, nbp = 19 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
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# RM_HELIX 1252-1260 1866-1880, nbp = 9 nbp_cov = 0
# aggregated NONE
NESTED  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::<<<<<<<<<_________________________________________________________________________>>>>>>>>>::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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